从特许经营、直营连锁、自由连锁各自的定义和特征可以看出，特许经营与直营连锁和自由连锁都有比较明显的区别。

1、产权关系不同。特许经营是独立主体之间的合同关系，各个特许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带；而直营连锁店都属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营并集中管理。这是特许经营与直营连锁最本质的区别。特许经营总部由于利用他人的资金迅速扩大产品的市场占有率，所需资金较少。相比之下，直营连锁的发展更容易收到资金和人员的限制。

2、法律关系不同。特细经营中特许人（总部）和被特许人（加盟店）之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确自己的权利和义务，而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。

3、管理模式不同。特许经营的核心是特许经营权的转让，特许经营体系是通过特许者与被特许者签订特许经营合同形成的。各个加盟店的人事和财务关系相互独立，特许人无权进行干涉，而在直营连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体十五均有决定权，分部经理作为总部的一名雇员，完全按照总部意志行事。

4、涉及的经营领域不完全相同。直营连锁的范围一般限于商业和服务业，而特许经营的范围则宽广的多，除商业、零售业、服务业、餐饮业、制造业、高科技信息产业等领域外，在制造业也被广泛应用。